У 1751 році у Чечельнику було споруджено дерев'яний костел. 1786 року коштом князя Любомирського постав сучасний мурований храм, який протягом 1818-1823 років було добудовано за кошти парафіян. Майже до кінця XVIII століття парафію обслуговували оо. єзуїти, але потім її перейняло дієцезіальне духовенство. У 1823 році святиню консекрував єп. Франциск Мацкевич. 1896 року костел відновили за кошти вірних та Вітольда Собанського. У 1924 році храм було спалено та знову реставровано. У 1937-1990 роках, за винятком періоду ІІ-ї Світовї Війни по 1950 рік, святиня перебувала закритою. Богослужіння здійснювались у цвинтарній капличці, спорудженій Собанськими у 40-х роках XIX століття. Повернений костел 28 липня 1990 року освятив о. Ян Ольшанський. З того часу продовжується його ремонт зусиллями братів францисканців. А 26 серпня 2015 року єп. Леон Дубравський OFM проголосив храм дієцезіальним санктуарієм Матері Божої Чечельницької завдяки чудотворній копії ікони Матері Божої Ченстоховської, яка із середини XVIII століття тут знаходиться. 7 серпня 2016 року архієп. Клаудіо Гуджеротті освятив новий вівтар костелу.